ساخت پایگاه داده از قطعات پپتیدی: دیدگاهی جدید برای طراحی پروتئین های نوترکیب
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی
- نویسنده نیلوفر شیروانی زاده
- استاد راهنما شهریار عرب
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1392
چکیده
پروتئین ها یکی از اجزا اصلی سلول هستند که معمولا از چندین دمین تشکیل شده اند. این دمین ها بلوک-های ساختمانی مناسبی می باشند که در طراحی و ساخت پروتئین های چند عملکردی جدید استفاده می-شوند. برای طراحی این پروتئین های نوترکیب یا کایمریک، می توان چندین دمین عملکردی را توسط توالی های لینکر الیگوپپتیدی به یکدیگر متصل کرد. در صورتی که دمین ها با هم ارتباط فیزیکی نداشته باشند، انتخاب قطعه ای به عنوان لینکر آسان تر است. با توجه به مسئله، این قطعه می تواند یک لینکر با انعطاف پذیری بالا و یا لینکری غیرقابل انعطاف باشد. میزان انعطاف پذیری لینکر، حرکت دمین ها نسبت به هم را تنظیم می کند. اگر دمین ها در فضا با یکدیگر اتصال فیزیکی داشته باشند، طراحی لینکری که در آن علاوه براتصال، جهت گیری فضایی دمین ها نیز حفظ شود، دشوارتر است. این لینکر می تواند با توجه به توالی اسیدآمینه ای، فاصله ی دو انتها و نیز جهت گیری دمین ها در فضا نسبت به همدیگر، لینکری اختصاصی باشد. برای تسهیل در طراحی پروتئین های نوترکیب، پایگاه داده ای از قطعات پپتیدی تهیه شد. این پایگاه داده افزون بر 120 میلیون قطعه پپتیدی با طول های متفاوت را شامل می شود که از نزدیک به 14000 ساختار پروتئینی موجود در پایگاه اطلاعاتی پروتئین ها استخراج شده است. این قطعات براساس خصوصیاتی همچون ساختار دوم، محتوای اسیدآمینه ای، طول توالی، سطح در دسترس و فاصله ی بین انتهای آمینی و انتهای کربوکسیلی طبقه بندی شده اند. برای دسترسی به این پایگاه داده نرم افزاری تحت وب به نام لیندا طراحی و ساخته شد. لیندا براساس خصوصیات قطعه ی پپتیدی مورد نظر کاربر، درون این پایگاه داده جست وجو کرده و مناسب ترین توالی های پپتیدی را پیشنهاد می دهد. این نرم افزار از طریق آدرس software/linda /bioinf.modares.ac.ir برای عموم قابل دسترسی است.
منابع مشابه
بررسی پایگاه های توالی آلرژن ها و تعیین پایگاه داده مناسب برای آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین های نوترکیب
براساس اعلام سازمان جهانی آلرژی؛ حدود یک سوم جمعیت جهان متاثر از آلرژی‌اند. مطابق با ضوابط سازمان جهانی سلامت ارزیابی آلرژنیسیته پروتئین‌های نوترکیب ضروری است. ارزیابی آلرژنیسیته با پیشرفت‌های بدست آمده در آنالیزهای بیوانفورماتیکی و تعیین ساختار سه بعدی آلرژن‌ها تسهیل شده است. آنالیز بیوانفورماتیکی مرحله مقدماتی در ارزیابی آلرژنیسیته پروتئین‌های نوترکیب است که نتایج آن در سنگینی مستندات و قضا...
متن کاملساخت پایگاه داده ای
برای پردازش اطلاعات کارتوگرافی، لازم است ساختار توپولوژیکی داده ها مشخص گردد تا پایگاه داده ها هوشمند و برای تجزیه و تحلیل و جابه جایی مهیا شود. پس از جمع آوری داده های گوناگون باید یک پایگاه دادهای با ساختار توپولوژیکی و سازگار هندسی ایجاد گردد. این عمل، با تبدیل انواع داده ها و انطباق در یک مقیاس و انتخاب یک سیستم تصویر یا سیستم مختصات شبکه ای آغاز می شود. اما در نقشه کامپیوتری راستری...
متن کاملطراحی و ساخت یک سازه ژنی نوترکیب بیان کننده پروتئین p24 ویروس لکوز گاوی در اشرشیاکلی
لکوز انزئوتیک گاوی(EBL) یک بیماری رتروویروسی است که بوسیله ویروس لکوز گاوی (BLV) ایجاد و عموماً در دامداریهای صنعتی مشاهده میشود. این بیماری موجب کاهش توان تولید و بروز خسارتهای اقتصادی قابل توجه در گله میشود. کنترل عفونتهای ناشی از BLV با انجام آزمایشهای سرولوژی، شناسایی و جداسازی یا حذف حیوانات سرم مثبت انجام می‌گردد. در این مطالعه، ژن پروتئین p24 از BLV پس از تکثیر توسط PCR، به پلاسمید...
متن کاملطراحی اولین پایگاه داده کلمات دستنویس کردی برای سیستم های تشخیص تصویری کلمات
چکیده: یکی از اجزای زیربنایی سیستم های تشخیص تصویری کلمات پایگاه داده هاست. هر سیستمی که در این زمینه طراحی گردد لاجرم می بایست از یک نوع پایگاه داده ها استفاده کند. بدیهی است چون موضوع مورد مطالعه در این سیستم ها شکل نوشتاری زبان های مختلف میباشد پس برای هر زبان مشخص پایگاه داده بخصوصی لازم است. زبانی که این مقاله بر آن متمرکز شده کردی است و در این مقاله مراحل مختلف چگونگی طراحی اولین پایگاه...
متن کاملطراحی مهارکننده‌های جدید پپتیدی با گروههای عاملی بر پایه بنزن برای پروتئاز ویروس HTLV-1 با روشهای محاسباتی
زمینه و هدف : ویروس htlv-1 جز خانواده رتروویروس‌ها میباشد ، این ویروس در انسان باعث ایجاد بیماری‌هایی نظیر لوسمی T-Cell بزرگسالان (ATL )، HAM/TSP و ... می‌گردد . یکی از پروتئین‌های مهم در این ویروس پروتئاز است که برای بلوغ ویروس نیز ضروری میباشد .مهارکننده‌هایی که تاکنون برای پروتئاز ساخته شده‌اند ،فعالیت مناسبی را از خود نشان نداده‌اند .در این مطالعه سری جدیدی از مهار کننده‌ها ایجاد و با است...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023